Kawasan Maluku Utara adalah
kawasan yang didominasi oleh perairan, dengan
perbandingan luas daratan dan laut adalah 1 : 3. Kawasan ini terdiri atas 353
pulau dengan luas kira-kira 32.000 km², yang tersebar di atas perairan seluas 107.381 km². Gugusan kepulauan di kawasan Maluku Utara terbentuk oleh relief-relief yang besar, Palung-palung samudra, dan Punggung
Pegunungan yang sangat mencolok saling
bersambung silih berganti. Secara umum struktur fisiografi kawasan Maluku Utara terbentuk dari zona
pertemuan dua sistem bentang alam. Kedua
sistem bentang alam tersebut antara lain adalah Sistem Bentang Alam Sangihe
dan Sistem Bentang Alam Ternate, dengan batasnya adalah Cekungan Celebes di barat dan Cekungan Halmahera di timur.
Zona benturan Laut Maluku merupakan bagian
yang paling rumit di kawasan ini. Lempeng
Laut Maluku, yaitu
sebuah lempeng benua
kecil mengalami tumbukan ke Palung Sangihe di
bawah Busur Sangihe di barat dan ke arah
timur di bawah Halmahera, sedangkan di sebelah selatannya terikat oleh Patahan Sorong.
Busur dalam Halmahera yang bersifat vulkanis
berkembang di sepanjang pantai
barat Halmahera dan menghasilkan pulau-pulau lautan yang bersifat vulkanis,
antara lain adalah : Ternate, Tidore, Makian dan Moti. Mare terbentuk dari material vulkanis yang terangkat, sedangkan Kayoa
berasal dari terumbu karang yang terangkat.
Mayu dan Tifore yang terletak di sepanjang gigir tengah Laut Maluku yang meninggi merupakan keping Melange aktif .
Pulau Halmahera dan pulau-pulau
disekitarnya yang ada di Indonesia bagian Timur termasuk ke dalam sistem
pertemuan 3 (tiga) lempeng yaitu lempeng Australia, lempeng Eurasia, dan
lempeng Samudera Philipina (Hamilton, 1979). Bagian Utara Halmahera merupakan lempeng
Samudera Philipina yang menunjam di bawah Philipina sepanjang palung Philipina
yang merupakan suatu konfigurasi busur kepulauan sebagai hasil tabrakan lempeng
di bagian barat Pasifik. Pulau ini dicirikan dengan Double
ArcSystem
dibuktikan dengan adanya endapan vulkanik di lengan barat dan nonvulkanik di
lengan timur.
Struktur sesar terdiri dari sesar
normal dan sesar naik umumnya berarah Utara-Selatan dan Barat Laut-Tenggara.
Kegiatan tektonik dimulai pada Kapur Awal dan Awal Tersier, ketidakselarasan
antara batuan berumur Paleosen-Eosen dengan batuan berumur Eosen-oligosen Awal,
mencerminkan kegiatan tektonik sedang berlangsung kemudian diikuti kegiatan
gunung api. Sesar naik akibat tektonik terjadi pada jaman Eosen- Oligosen.
Tektonik terakhir terjadi pada jaman Holosen berupa pengangkatan terumbu dan
adanya sesar normal yang memotong batu gamping.